Contra: Shattered Soldier2002

En la A.D. 2642, la Tierra sigue asustada de conflictos extraterrestres anteriores, ya que los problemas ambientales crecen más allá del control de la humanidad. El 80% de la población del planeta estaba completamente devastada por una red de armas hipermagnéticas que funcionaba mal durante el desarrollo. Bill Rizer, el héroe de las guerras alienígenas, fue considerado responsable del incidente, así como por asesinar a su compañero, Lance Bean, quien supuestamente intentó detenerlo. He was given a sentence of 10,000 years in cryogenic prison. Sin embargo, cinco años más tarde, en 2647, la Tierra enfrenta otra amenaza, ya que la organización terrorista "Blood Falcon", dirigida por un misterioso y superhumano comandante, propaga pánico sobre el mundo. El gobierno gobernante, denominado "Triumvirate", decide liberar a Bill Rizer antes de completar su sentencia, en vista de sus éxitos anteriores en la defensa de la Tierra, con la esperanza de neutralizar el Falcon de Sangre. Lucia, un soldado avanzado de Cyborg construido por el gobierno de la investigación del Dr. Geo Mandrake, es enviado para acompañar y asistir a los esfuerzos de Bill. Bill finalmente descubre que Lance sigue vivo y es, de hecho, el comandante del Falcon de Sangre. Después de derrotar a Lance, se revela que los alienígenas de los juegos pasados atacaron porque el Triumvirate robó secretamente una misteriosa y poderosa "Relic" de ellos. Con esta información, Bill y Lucia tienen que enfrentar a Triumvirate y descubrir el secreto de la Reliquia alienígena.